Ez azt a testhőmérsékletet jelöli, amit közvetlenül ébredés után mérünk, még az előtt, hogy felkelnénk az ágyból, lehetőleg minden reggel azonos időben. Az alaphőmérsékletből lehet következtetni arra, hogy hol tart a menstruációs ciklus, információt ad például arról, hogy megtörtént-e az ovuláció az adott ciklusban, de akár előre is kikövetkeztethetjük, hogy az mikorra várható.
